先导入igraph包:
library(igraph)
graph包最简单的用法就是graph方法,两句代码就完成绘制如下所示,1的loop表示为(1,1),1和2之间有3条edge,表示为(1,2,1,2,1,2)
g <- graph(c(1,1,1,2,1,2,1,2,1,5,2,3,2,4,2,5,3,3,3,4,3,4,3,4,4,5),directed = FALSE) plot(g)
如果用顶点的邻接矩阵表示,仍以上图为例:
则对1,1有loop,与2有条edge,与5有一条edge,所以邻接矩阵的第一行为(1,3,0,0,1);
类似地,可以得出邻接矩阵的第2、3、4、5行;按列输入上述矩阵:
cell <- c(1,3,0,0,1,3,0,1,1,1,0,1,1,3,0,0,1,3,0,1,1,1,0,1,0) cell <- matrix(cell,5,5,byrow=T)
使用graph.adjacency方法:
cnames <- c('a','b','c','d','e') g <- graph.adjacency(cell,mode="undirected")plot(g,vertex.label=cnames)#绘出图像
补充:R语言学习-提取igraph的节点和边
网络分析的时候,可能需要提取出网络中的节点或者边,igraph包中其实提供了很多可用的函数。
#创建网络方法之一:data.frame data<-data.frame(id1=c(1,1,2,3,4,4,5,5,6,6,7,8,8,9,10,5,15,6,7,16),id2=c(2,11,11,12,13,14,15,16,7,15,16,17,18,18,9,19,19,19,19,19)) g <- graph_from_data_frame(data, directed=FALSE) #directed 参数控制graph 有无方向 g IGRAPH UN-- 16 17 -- + attr: name (v/c) + edges (vertex names): [1] 1 --2 2 --3 3 --4 1 --4 5 --7 5 --6 5 --8 7 --6 7 --8 6 --8 9 --10 9 --13 11--10 11--12 12--13 14--15 1 --16 #图形显示 plot(g)
#V(g)和E(g)可以用来查看网络g的节点和边 V(g) + 16/16 vertices, named: [1] 1 2 3 5 7 6 9 11 12 14 16 4 8 10 13 15 E(g) + 17/17 edges (vertex names): [1] 1 --2 2 --3 3 --4 1 --4 5 --7 5 --6 5 --8 7 --6 7 --8 6 --8 9 --10 9 --13 11--10 11--12 12--13 14--15 1 --16 #但问题是怎么将里面的数据提取出来放到变量里面呢? #节点提取有个函数get.vertex.attribute(g) get.vertex.attribute(g) $name [1] "1" "2" "3" "5" "7" "6" "9" "11" "12" "14" "16" "4" "8" "10" "13" "15" #查看类型可知是list class(get.vertex.attribute(g)) [1] "list" #剩下的就简单了 node<-get.vertex.attribute(g)[[1]] node [1] "1" "2" "3" "5" "7" "6" "9" "11" "12" "14" "16" "4" "8" "10" "13" "15" #至于边呢?可以使用get.edgelist() get.edgelist(g) [,1] [,2] [1,] "1" "2" [2,] "2" "3" [3,] "3" "4" [4,] "1" "4" [5,] "5" "7" [6,] "5" "6" [7,] "5" "8" [8,] "7" "6" [9,] "7" "8" [10,] "6" "8" [11,] "9" "10" [12,] "9" "13" [13,] "11" "10" [14,] "11" "12" [15,] "12" "13" [16,] "14" "15" [17,] "1" "16" #类型是matrix矩阵可以直接使用 class(get.edgelist(g)) [1] "matrix"
以上为个人经验,希望能给大家一个参考,也希望大家多多支持好代码网。如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教。